Wspólnota pitagorejska w Krotonie, rok 510 p.n.e. Pitagoras, czując zbliżającą się śmierć, postanawia wybrać następcę spośród swoich najzdolniejszych uczniów. Zmuszony jest jednak odłożyć decyzję, gdy najpoważniejszy kandydat na następcę filozofa Kleomenides zostaje otruty.  Pitagoras prosi Egipcjanina Akenona, syna swego dawnego przyjaciela, o pomoc w rozwikłaniu zagadki tajemniczego morderstwa.

"Zabójstwo Pitagorasa" to pełna niespodziewanych zwrotów akcji, wartka powieść kryminalna o śmiertelnych wrogach filozofa, któremu marzył się pokój między ludźmi i narodami, ich intrygach, doprowadzających do wojen między niezwaśnionymi dotąd państwami-miastami, ale także o losach trudnej miłości i problemach matematycznych niedających ludzkości spokoju od setek, a nawet tysięcy lat.