Tajemniczy ogród to zapomniany, zamknięty od wielu lat i zaniedbany zakątek ogromnego parku otaczającego posiadłość stryja głównej bohaterki Mary Lennox, pana Cravena. To także miejsce magiczne i pełne czarownego blasku; miejsce, które staje się azylem dla dziesięcioletniej  Mary, która  ucieka tam zawsze wtedy, kiedy czuje się samotna i nikomu niepotrzebna.  Od pojawienia się dziewczynki, ogród  przeżywa niezwykłą przemianę ,  zaniedbane kwiaty zaczynają kwitnąć i czarować swoim pięknem. W tym magicznym miejscu rodzi się przyjaźń trojga dzieci: Mary, miejscowego Chłopca Dicona  oraz kalekiego kuzyna dziewczynki, Colina.